自配的大豆蛋白胨培养基应标记名称、批号、配制日期等信息，并在已验证的条件下贮藏。商品化的成品大豆蛋白胨培养基标签上应标有名称、批号、生产日期、失效期及大豆蛋白胨培养基的有关特性，生产商和使用者应根据大豆蛋白胨培养基使用说明书上的要求进行保存，所采用的保藏和运输条件应使成品大豆蛋白胨培养基较低限度的失去水分并提供机械保护。

大豆蛋白胨培养基灭菌后若储藏在高压灭菌器中，质量可能会受影响，一般不提倡这种存放法。琼脂大豆蛋白胨培养基不得在 0℃或 0℃以下存放，因为冷冻可能破坏凝胶特性。

大豆蛋白胨培养基应避光保存，若要长期保存，应置于密闭容器中以防止水分流失。琼脂平板建议现配现用，如置冰箱保存，一般不超过一周，且应密闭包装，若延长保存，保存期需经验证确定。

固体大豆蛋白胨培养基灭菌后的再融化只允许一次，以避免因过度受热造成大豆蛋白胨培养基质量下降或微生物污染。大豆蛋白胨培养基的再融化一般采用的水浴加热或流通蒸汽。若使用微波炉，应避免大豆蛋白胨培养基过度受热及水分的蒸发，更要注意**。融化的大豆蛋白胨培养基应置于 45～50℃的水浴中，不得超过 8 小时。倾注大豆蛋白胨培养基时，应擦干大豆蛋白胨培养基容器外表面的水分，避免容器外壁的水滴进入大豆蛋白胨培养基中造成污染。

使用过的大豆蛋白胨培养基（包括失效的大豆蛋白胨培养基）应按照我国污染废物处理相关规定进行处理。