蛋白胨是指蛋白质原料经蛋白酶消化或酸水解、碱水解后获得的产物，是微生物培养和发酵的有机氮源。蛋白胨主要适合偏爱多肽而非游离氨基酸的微生物。蛋白胨根据原料和工艺不同，而分为不同种类。

按照原料不同

分为动物蛋白胨、植物蛋白胨、微生物蛋白胨。作为蛋白质原料的，通常有酪蛋白（牛奶中不易被消化、易沉淀、分子量大的蛋白分子。）、肉类加工厂的碎料（骨、皮、内脏、碎肉）、小鱼小虾、面包酵母和啤酒酵母，以及植物性来源的大豆、棉籽等。蛋白胨的价格也因原料、工艺不同而高低不一。

选择蛋白胨时，要根据微生物的种类和营养需求特点来选择。例如，霉菌、放线菌、枯草芽孢杆菌等偏爱植物性来源的蛋白胨，而大肠杆菌、人体致病菌等则偏爱动物性来源的蛋白胨。酵母蛋白胨是新兴的蛋白胨，氨基酸比例适中，可用来替代植物蛋白胨和动物蛋白胨，相对价格较高。

按照蛋白质水解工艺不同

分为酶消化、酸水解、碱水解。酸和碱水解获得的蛋白胨，游离氨基酸含量高，价格低。缺点是盐含量高，色氨酸、精氨酸等限制性氨基酸遭到破坏。主要用于偏爱游离氨基酸的微生物的培养和发酵，以及工业上氨基酸的生产。

经过复合蛋白酶消化的蛋白胨，水解程度低，肽和胨含量高，富含色氨酸和精氨酸，含盐量低。价格较高，是有机氮源，是微生物培养常用的蛋白胨。主要适合偏爱多肽而非游离氨基酸的微生物。

大豆蛋白胨比较与其它蛋白胨，碳/氮比较高，富含糖类物质和矿物质。

大豆中含有丰富的蛋白质,氨基酸组成与牛奶蛋白质相近,具有丰富的需氨基酸组分,是人和畜禽植物性蛋白源。随着大豆蛋白分离技术的改进,大豆分离和浓缩蛋白等被广泛添加于婴儿奶粉等各类加工食品中。

大豆蛋白胨含有丰富的碳水化合物和维生素适合对营养要求较严格的微生物生长，广泛应用于抗生素、维生素、氨基酸、有机酸、酶制剂等发酵工业。