目前来说，蛋白胨从来源上可分为动物性蛋白胨和植物性蛋白胨。胰蛋白胨、肉蛋白胨、骨蛋白胨等都是动物性蛋白胨，而大豆蛋白胨等则是植物性蛋白胨。动物性来源的蛋白胨还有：蚕蛹蛋白胨、血液蛋白胨等。 蛋白胨是蛋白质分解产物，如将牛肉、酪蛋白、牛奶粉、白明胶、大豆蛋白、丝蛋白、血纤维蛋白等为原料，经不完全的水解工艺所得的产物。

在水中的微生物蛋白胨是有微生物的生命活动的适宜温度，pH值，水，氧等。因此，在水中微生物能非常快速的生长起来，其土壤，空气的是主要来源，此外植物和动物尸体，人类和动物的粪便，工业和生活污水也能使其生长。微生物在水90%革兰氏阴性细菌，主要是弧菌，假单胞菌属，黄杆菌属等。鞘细菌和附生细菌在水处理中也很常见。在水中的微生物的水平分布和垂直分布规律的形式。此外，不同浓度的微生物同一水域也不同含量及分布。病原菌的水传播主要有痢疾和霍乱弧菌等。因此，处理水的卫生检查非常重要。

在空气中的微生物蛋白胨。空气微生物生命本身缺乏必需的营养，阳光也对微生物有很强的杀菌效果，空气通常是干燥的，所以空气不是微生物生活的环境。在微生物细胞和孢子的灰尘是在空气中微生物的主要来源，这种微生物大多腐生，也来自人类和动物，他们中的大多数是通过呼吸道排出，并含有病原微生物，悬浮在大气中。随环境条件和微生物性空气中微生物的分布不同，不同的分布规律从而导致微生物的抵抗力不同，生存期较长的孢子和真菌孢子在空气中的细菌，放线菌。空气中的总微生物数量都是取决于粉尘。